Sestuna Mudou en un chico que tiene problemas como cualquier adolescente normal, pero tiene uno un tanto "extraño": está enamorado de su hermana. Su madre no acepta este amor y los demás que lo saben también; pero Kira (el mejor amigo de Setsuna y de su hermana) lo entiende y lo apoya. Todo entre ellos va muy bien hasta el momento en el que en sus vidas se cruzan Kurai y Arakune (dos demonios), y ambas (Arakune es travesti) les dice a Setsuna que él en realidad no es humano, sino que es la reencarnación de Alexiel, el Ángel Orgánico. Alexiel era temida por todos, se opuso ante Dios y éste le castigó con la muerte; pero no la muerte en sí, sino que se reencarnaría una y otra vez y cada una de ellas con una muerte horrenda. Por un videojuego llamado "Angel Sanctuary" Katan (mano derecha de Rosiel) le resucita. Rosiel ,el hermano de Alexiel,  tiene mucho odio tanto a ella como a Setsuna, y no comprende cómo el último pudo haberse enamorado de una simple humana como Sara. Con el paso de la historia aparecerán más personajes como los Ángeles de los 7 Pecados Capitales, o hasta el mismísimo Lucifer; teniendo Setsuna que arreglar todo esto por su amor por Sara.