De unas instalaciones de investigación de una isla cercana a la costa de Kamakura, en la prefectura de Kanagawa, se escapa Lucy. Lucy es una diclonius, un espécimen que se caracteriza por tener unas especies de cuernos en su cabeza y por poseer vectores, los cuales son unos brazos invisibles que pueden destrozar hasta la piedra y el metal.  Desarmada y desnuda, aunque llevando un casco de metal que le permite ocultar sus rasgos , consigue escapar del lugar asesinando y desmembrando a varios agentes y guardias del lugar. Momentos antes de escapar, un francotirador le dispara en la cabeza, haciendo que el casco se rompiera y que se vieran los cuernos de su cabeza. La joven cae inconsciente por un acantilado y cae al mar. Al día siguiente un joven llamado Kota y su prima Yuka pasean por la playa de Yuigahama y se encuentran con Lucy, que a causa del impacto de la bala en su cabeza ha adquirido una doble personalidad: a diferencia de la sádica Lucy, ahora es muy dócil e inofensiva y no sabe decir otra cosa que Nyu (motivo por el que los dos deciden llamarla así). Toman la decisión de llevársela con ellos para curarle las heridas y que se quede temporalmente en su casa, sin saber que en realidad es un sádica asesina.