Shiro Emiya es un estudiante del instituto Homurabara Gakuen en la ciudad de Fuyuki. Shiro desconoce que en la ciudad de Fuyuki hay batallas secretas entre 7 magos. Durante los últimos 2 siglos 7 magos elegidos han participado en una guerra a muerte para conseguir el Santo Grial, un legendario cáliz que concede deseos. Las últimas 4 Guerras del Santo Grial han ocurrido cada 70 años (la más reciente acabó hace 10 años), pero la quinta ha comenzado antes de tiempo. Una noche en el instituto Shiro descubre a 2 sirvientes, Archer y Lancer, luchando en el patio. Para evitar que se conozca la existencia de la Guerra del Santo Grial, Lancer mata a Shiro. Pero Rin Tosaka, una compañera de clase de Shiro, usa un colgante cargado con maná (Maryoku) para poder revivirlo. Shiro regresa a su casa herido y allí es atacado otra vez por Lancer. Shiro intenta defenderse pero Lancer lo hace caer al sótano. Allí Shiro cree que llega su fin, cuando una joven vestida con una armadura hace huir a Lancer. Esta chica se presenta a Shiro como Saber, y le pregunta lo siguiente: "Te pregunto. ¿Eres tú mi Master?".