En el Genshiken (Sociedad para el Estudio de la Cultura Visual Moderna) hay un grupo de universitarios afiliados a este club, el cual está centrado en actividades otakus; especialmente en analizar animes como Kujibiki Unbalance. Este grupo está falto de miembros, y encima hay una discriminación por parte de los demás universitarios y del Club del manga, ya que tiene más miembros que el Genshiken. Pero el club volverá a coger fuerzas por la llegada de nuevos integrantes, como un chico verdaderamente otaku, otro que por su físico no llegaría a encajar, una chica "normal" y algo fría, otra chica que le encanta el cosplay... Aparte de esto, en el anime se tocan otros temas como la existencia de personas que son discriminadas por el hecho de gustarle el manga y el anime, el gasto excesivo que tiene un otaku, el desinterés que se crea en un otaku por otros aspectos de la vida, como el amor, los estudios... En cada episodio se narra el día a día de este club otaku.