MIharu Rokujo es un chico, heredero de un restaurante de Okonomiyaki (una comida japonesa), y tiene una vida normal. Un día su profesor Thobari Kumohira y su compañero de clase Kouichi Aizawa le intentan convencer de que se una al Club de Ninjas, del cual se burlan todos. Gracias a esto, descubre que existe un mundo llamado Nabari, en donde luchan los ninjas; y de que posee el Shirabanshou (el hijutsu ninja de la vida) y es muy poderoso. Thobari promete a Miharu de comvertirle en el Rey de Nabari  y de protegerle de las malas intenciones de otros grupos ninjas que desean obtener el Shirabanshou que posee.