Tsukune Aono es un estudiante de secundaria de 15 años que no había sacado buenas notas y se negó a repetir. Al regresar a su casa, su madre le da un sobre, que según su padre lo dejó un sacerdote quien, casualmente, lo dejó caer mientras paseaba por la calle. De esta forma Tsukune ingresa en el Academia Youkai para estudiar durante el verano. Mientras está en el autobús escolar para ir a la Academia, el conductor le advierte que la Academia no es como una escuela normal. Para ir a la Academia hay que travesar un túnel y Tsukune en ese momento recibe una llamada, pero al no haber demasiada cobertura se corta. Al llegar y al bajarse del autobús se da cuenta de que ese  lugar es un poco extraño y de que el mar está de color rojo. Mientras que va caminando se encuentra con una chica llamada Moka Akashiya, la cual le revela que es una vampiresa. Tsukune no la cree y le sigue la corriente, pero en su primer día en la Academia descubre que todos los estudiantes son monstruos. La Academia Youkai se creó para que monstruos y humanos convivieran juntos, y hay 2 reglas básicas: la primera es que todos los estudiantes, profesores y demás residentes de la Academia deben permanecer en su forma humana (al no ser que estén en peligro) y la segunda es que no deben revelar su verdadera identidad a otro estudiante (Moka cuando le dijo a Tsukune que era vampiresa no sabía esta regla). Tsukune al ver todo esto se asusta e intenta huir, pero Moka hace todo lo posible por detenerlo. Cuando estaba a punto de irse, percibe que Moka está en peligro y cuando llega a donde está ella descubre su forma vampírica. Tsukune medita mucho y llega a la conclusión de quedarse en la Academia Youkai; luchando contra enemigos, manteniendo en secreto que es un humano y haciendo más amigos.